当发现发票总金额跟客户做合同的金额少了两分钱时，应该第一时间和客户核实，看看是操作者的失误还是客户在合同金额上变更了，并及时补发不足的发票，避免因计算带来的税金的损失。如果确实是失误，应该及时处理，可以通知客户立即补录，同时注明开票原因，避免税务行政稽查对企业带来影响。 如果发现了任何错误，应及时记录，用于备案，以免日后税务稽查问题。最重要的是，应建立企业内部的税务审计制度和程序，严格要求所有财务数据的准确性，定期进行财务审核，减少财务差错和税收纠纷的发生。