首先，我们的目的应该是尽可能的帮助客户实现他们的付款目的。如果客户今天打来的款扣除了赔偿款，而开的发票比打来的钱要少，可以采取以下步骤处理： 1.确认客户所支付的款项是否完整，如果客户付款不足，则应及时向客户发送缺少金额提醒。 2.应当确保客户的信息的准确性，确认客户的发票资料、发票金额以及账户信息是否匹配，尽量避免发票金额不符或者账户信息不符等问题出现。 3.确认客户选择的付款方式是否正确，如果客户采用了支付宝或者微信支付，应确认其账号是否与开票信息一致。 4.尽可能客观的找出发票与付款金额之间的差异，如果确认是客户疏忽，应及时与客户联系，让客户支付缺少的部分。 5.如果是发票金额出错，应及时联系客户通知金额的正确性，安排重开发票等操作，以确保客户支付的金额与发票金额一致。 帮助客户实现按时支付及发票准确是关键，关于发票的处理问题，企业应从规范发票政策入手，建立完善的发票管理制度，尽量减少发发票与实际支付金额不符出现的可能性。同时，企业也应当建立针对没收到客户支付款项或者发票与支付金额不符的应急措施，以便尽早发现和解决这些问题，不会影响客户的正常经营。