房地产中土地增值税从预缴到清算的流程及科目包括： 1、土地增值税预缴：土地出让方在网上或者纳税服务厅窗口，将应缴税费按月缴清，在房地产开发利用期间按月缴税，可以抵扣税费，减少税费缴纳。 2、清算处理：房地产开发利用期满后，土地使用权出让方应按规定程序，将土地出让价款缴至收税机关账户，并将其对应的土地增值税预缴税款清算处理。 3、科目：土地增值税预缴科目为实收资本，清算处理的科目为应付账款。 拓展知识：土地增值税是指房地产开发利用类出让方，使用国家土地使用权时，应向收税机关缴纳的土地增值税，其中包括房屋建筑物增值税和土地使用税两大部分。