当电子普票的金额超过万元时，需要进行红冲的时候，处理方式是： 1、有权限的操作人员应将超过万元的电子普票退回发票管理方，由发票管理方进行红冲； 2、由发票管理方出具一张超万元电子普票作废证明，并及时将电子普票红冲通知出去； 3、内部红冲后，本单位应及时发出红冲通知书； 4、发票管理部门还应及时将红冲后的发票信息同步报送税务机关，以便完成税务管理任务。 另外，如果发生万元电子普票红冲，还可以充分利用电子税务局的信息化服务，可以实现在线普票红冲，节约事半功倍。