是的，可以分开。首先，要分开扣缴社保和增值税的三方协议账户，首先应当向社保机构或者税务机构申请三方协议账户，申请时需要提供所需的有关资料，如企业登记证明、营业执照等，机构核实资料后会给出注册账户，每个账户对应一个三方协议账户。 其次，在账户分离时，可以在线下银行上进行申请，也可以利用网上银行系统进行操作，需要注意不同银行上的费用标准，在进行账户分离时，要了解不同银行的收费情况，此外，可以根据企业的收入情况，选择适合自己的银行账户。 此外，在分离扣缴社保和增值税的三方协议账户时，需要注意企业在上缴社保的过程中，要确保和每一个社保机构的账户分离，并及时汇报社保机构，确保上缴过程的正常性，以及报税完整性。 拓展知识：三方协议账户一般应用于企业缴纳社保费用、报税时，税务机关要求公司通过三方协议账户缴付，以保证缴费款到达税务或社保机关的准确性。该账户与银行账户的区别是，它是企业自己开立的，不但能实现个人汇款，而且还能实现分部汇款，既可将资金保留在一个账户，又可分别汇款到各税务机关或社保机关。