由于从乙公司购入一批B材料，已取得增值税专用发票，因此可以结账抵扣增值税。根据发票记载，已购买B材料100千克，每千克100元，价款40000元，增值税率为13%。此外，发生运费1000元，取得增值税专用发票，也可以通过结账抵扣增值税。从货款付款方面说，货物未到，运费和其他增值税已经银行转账支付，而货款未付，这意味着乙公司还有应付款项未付清。 拓展知识：增值税是一种种消费税，是从企业、个人购买商品和服务时，针对商品和服务的价格变化的政府税收。它的非常重要的优点是可以有效地降低企业的税负，从而提高企业的利润，激发企业的发展活力，也可以为政府的财政收入增加的一大来源。