企业注销时，法人借款在其他应付款科目的余额需要处理。首先，注销前企业应当核对借款人的账户余额，确保借款有实质收回，并应当根据借款人的还款能力及财务状况灵活订立借款协议，尽量缩小借款的余额。其次，该借款在企业注销的过程中会计分录的安排也是非常重要的，在企业清算的过程中，应当将借款余额充分抵消企业的应付款，从而保证企业的结转清算工作的顺利进行； 最后，也要根据企业清算的实际情况，认真完成相关的记账凭证，审核财务报表，确保把握财务账目的真实性，符合政府有关法规要求，同时也要按照贷款协议签订时的约定，减少借款余额带来的负面影响。 拓展知识：在企业清算过程中，应当将全部现有财产作为通用性资产，实施企业分散风险、分配债务，支付全部有效债务，并最大限度地满足尽职调查要求。