当发票金额少于应付账款时的处理方法一是，与对方联系，看看可不可以补开发票，如果对方可以补开发票，则可以继续相关结算；二是，可以将多付出的 3000 元交到税务局，并根据税务机关要求填写纳税申报表，并于次月开下月申报表时，进行进行减免申报；三是，可以提出向对方提出补偿，但可能需要与对方洽商，例如签订补偿协议。 拓展知识： 发票开具有一定的流程，在拆分发票的过程中，应该认真完成核实、核对、核算，如果发现发票金额有误，要及时补开发票，若无法补开，可以向税务机关申请减免税款，以正确的发票金额作为核实依据。另外，企业可定期清理公司库存发票，以免造成发票存量过大，而数据不一致也会造成少开发票的状况，从而影响企业财务结算。