员工工伤休假的工资及医药费应该计入支出类科目，主要包括“工资福利费”、“医疗保险”等，在收支清算和报表编制时，可以根据实际情况进行调整，在财务报表中，将其分别计入相应科目，并在具体报告中作明确说明。 此外，还应根据有关法律法规，严格依据规定，开具正规有效的发票，确保企业财务合规；同时，要按照公司规定的流程及程序，办理工伤休假费用的支付，以保证费用的合规性、有效性。