根据独立核算分公司的不同情况，总公司汇算清缴的具体方式也有所不同。 对于独立核算分公司中的营业收入，总公司可以采用多种方式汇算清缴，包括现金汇算清缴，税收结转、统计报表等等。 对于现金汇算清缴，总公司可以采用连署开立支票的方式，在支票上清晰标注账号，补充签字，以确保交款的安全性； 对于税收结转，总公司可以采取途径，例如把个人所得税、增值税等税收交纳给政府，而且还可以在申请缴税的时候免交部分税收。 对于统计报表，总公司可以采用账簿的方式，将各部门的收支情况进行整合，从而更明确的了解各部门的收支情况。 总之，对于独立核算分公司，总公司要汇算清缴，可以采用多种方式，而且要充分考虑税收结转和统计报表等情况，以免出现汇算清缴的不到位的情况。 拓展知识：另外，在汇算清缴过程中，为了便于总公司对资金的管理，可以采用资金池的管理方式，将各个分公司汇算清缴的资金汇集，由总公司统一管理，这样可以有效地避免资金的浪费。