首先，根据《发票管理条例》的规定，发票金额及税额是不可更改的，因此发票已开，对方只打9000，即表明对发票内容的不满，因此要处理账款时应另行开具有效的纳税凭证来明确该笔金额的确认，以及当事双方协商达成的最后结论。其次，可以通过磋商、调解或者双方签订书面协议约定解决异议，建议提供相应的可行性解决方案，并说明下一步的做法，并给出解决异议的可能性，以及账款的支付时间。 拓展知识：发票是企业进行经济活动的重要凭证，在发票使用中，要牢记以下几条，1、发票的发行数量及金额必须真实可靠；2、发票开具时，必须仔细核对客户资料和货物名称；3、发票使用时要按申报和核实规定，严格按要求审核；4、发票应存放安全，要严格核实发票真伪；5、发票和税务登记证一起保管。