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根据《中华人民共和国印花税法》的有关规定，拥有运输发票的公司，需要交纳运输合同印花税。因此，您公司有运输发票进项，就应当交纳运输合同印花税。 运输合同印花税是一种税收，根据《中华人民共和国印花税法》的有关规定，只要涉及货物运输的相关合同，不论该合同买方或卖方，都有义务向税务机关申报交纳印花税。因此，如果您的公司不交纳运输合同印花税，就会受到处罚。 此外，申报和交纳运输合同印花税的时限也需要注意，根据《中华人民共和国印花税法》，在开具运输发票后3个月内，即应当申报和交纳印花税。如果超过3个月，税务机关将依据《中华人民共和国印花税法》的有关规定，按违约处理，并责令补缴相应的印花税。 综上所述，拥有运输发票的公司，需要交纳运输合同印花税，且要注意申报和交纳时限，以免超出税务机关处理时限， 造成违约行为，受到处罚。 拓展知识： 印花税是国家出台的一种较低税率税收，一般用于征收收入较少的单据，如保险、贷款、债务和其他类似协议。印花税在全国范围内统一实行，税率也是比较统一的，一般都是在0.2%至0.3%之间，只有少数特殊情况需要税率更高。