根据《流转税暂行条例》的有关规定，在征收土地使用权的情况下，被征收土地使用权的单位和个人收到的土地使用权补偿金和货币补偿金均应纳税。 按照年补偿租金替代厂房，就是拆迁补偿，工程拆迁补偿根据国家规定应纳税，所以该部分补偿金也应该缴纳流转税。 流转税是一种使用税，它的缴纳对象是企业、个体工商户或者其他组织，收税的部分涉及土地使用权价款和收回使用权土地上的费用，收回的税款除了由税务机关征收，也可以由政府指定的第三方机构征收。缴纳流转税尚有以下平台：一是国税；二是地税；三是税务机关代收代缴；四是企业自行申报、缴款和网上缴款等等。 因此，在上述情况下，公司名下的厂房被经开发商征收，并按年补偿租金的情况下，这部分租金补偿应该缴纳流转税，否则可能受到有关税务部门的处罚。