应交增值税三级科目的年终结账清零处理并不一定非要清零，具体是否清零取决于企业在一段时间内购买的原材料、投资的土地使用权、投入的固定资产等的总和。如果总金额少于三级科目应交增值税的金额，则应将全部支出抵扣税款；如果总支出超过了应交增值税的金额，则应将剩余金额清零，并报到下一个期间。 拓展知识：应交增值税三级科目的清零处理，总的来说分为四种情况：第一种是支出金额低于应交增值税，第二种是支出金额低于应交增值税的一半，第三种是支出金额超过应交增值税，但低于两倍，第四种是支出金额超过应交增值税的两倍。