留底退税指的是企业在纳税期满的年度，如果发现自己的纳税税负超过当年应纳税额，则向税务机关申请退税，把超出部分的税额退还给本单位，这就是留底退税。 留底退税主要分为两种情况：第一种情况是，全年累计应纳税额大于全年累计实际纳税额，当期应纳税额大于当期实际纳税额；第二种情况是，全年累计实际纳税额大于全年累计应纳税额，而当期实际纳税额小于当期应纳税额。 处理留底退税有以下几点注意事项： 1.自营企业应按照规定预缴税款时，要准确把握累计应纳税额，并将本期应缴税款准确确定； 2.确定留底退税后，应及时向税务机关办理退税手续； 3.经办理退税手续后，应及时核对退税情况是否正确，把握结果，以便调整下期纳税报表； 4.为了避免企业在每月预缴税款时，出现大额退税，税务机关实行每月预留退税机制，企业纳税人可凭有效凭证，向税务机关申请每月预留退税金额。 此外，关于留底退税，企业纳税人应当对不同的税种，分别进行税务申报，以便准确计算留底退税情况，作出恰当的决策。