小规模纳税人批发、零售化肥应当缴纳增值税、消费税等，具体如下： 1. 增值税：增值税是对企业实行视产品或服务的销售额、资源采购金额或用于生产经营活动的其他经济行为实施的税收，小规模纳税人批发、零售化肥的销售行为，均需要缴纳增值税，增值税税率针对不同商品有所不同。 2. 消费税：消费税是对消费行为实施的税收，小规模纳税人批发、零售化肥，无论是批发还是零售，均须缴纳消费税，消费税税率针对不同商品有所不同。 上述就是小规模纳税人批发、零售化肥所需缴纳的税款，在此基础上，纳税人还可以向税务机关申请纳税减让，或者把税金充入纳税信用账户，以优惠的方式减免税款。此外，税收筹划也是增加企业竞争力的有效手段，企业应通过政策营商环境，优化税收结构，充分发挥税收优惠政策的作用，以提高企业的利润水平。