首先，确认农民专业合作社是否在交易收到少款的情况下，发票的开票金额是否是正确的？如果是正确的，则根据发票的开票金额来做账，如果收到的款项比发票的开票金额少，则需要采取补足的措施。 首先，做出甲方应收账款明细账，具体记录购销明细，开票日期，开票金额，结算金额，实收金额以及欠款金额。接着，再制作乙方应付账款明细账，具体记录购销明细，开票日期，开票金额，结算金额，实付金额以及欠货的金额。最后，将甲方收款金额和乙方付款金额放在合计栏里，及时核对，确认实际收款金额和实付款金额是否符合发票开票金额。 此外，农民专业合作社在做账的过程中，还需要根据发票开票金额来按月登记凭证，登记过程中，收入科目应记账为“收账款”，支出科目应记账“付账款”，一定要记录好发票开票金额，并将发票保存起来作为凭证。 拓展知识：这里的发票，是销售发票，也可以称之为普通发票。普通发票是经过购销双方认可的财务凭证，可以作为税收凭据，其根据税收法规决定作用。普通发票可以用于结算货物贸易、服务贸易、货物加工、委托加工，按支付的税率和金额分出税金，以及核实企业所得税的收入和减免的的费用，多作为税收凭证。