在公司把在建工程卖给第三方的情况下，应当涉及的税种有：房屋销售税、消费税、增值税等。在做流程上，首先应当取得销售房屋的许可，将房屋销售报价政府审批后进行销售时才能贴税标签；按照规定填写税务表格，向税务机关申报交税；同时请审计或资产评估公司提供相关证据，以便税务机关审核。此外，在报送税务机关之前，应当安排相关人员验收房屋，并准备房屋登记手续，供客户接收房屋对接工作。拓展知识：在办理房屋买卖手续时，转让双方可以订立买卖双方均有继承权或转让权的证书，以免后期继承和争议，确保双方合法权益。