乙应将这笔收入计入"不可计入现金流量表的其他收益"一项中。由于甲某以低于市场价格买入乙房地产开发商的商铺，且拥有三年的免费使用期，因此乙公司认定该收入为不可计入现金流量表中的收入。乙公司将该份收入计入"投资收益"一项，从而准确的反映投资的运行情况及投资的收益率。 此外，当乙公司将收入认定为不可计入现金流量表的其他收益时，乙应当尽量详细记录这部分收入，以便公司在日后对收入进行有效的分析。这样，乙公司既可以准确反映投资收益情况，又能够充分利用其他收益，实现更高的公司收益。