如果根据成本法计算的农产品进项税额比发票上的税额多，单位应根据下列步骤处理： 第一步，检查发票是否存在问题。确定发票是否填写正确或是否真实有效，并保存所有发票的复印件； 第二步，核查费用和科目是否正确。检查科目是否符合公司财会政策，且确定费用是否与发票及成本法有关； 第三步，审核的过程中，根据发票的有效性和金额，调整公司会计账本中的进项税额； 第四步，最后完成后，要比对发票的进项税额和成本法计算出来的税额，如果相差甚大，应提出财务部门的解释 。 以上就是关于核定扣除农产品进项税额比发票上税额多的处理方法。另外，为了更好地控制财务风险，单位还应加强管理，提高财务管理水平，完善财务内部稽核体系，确保有效的财务管理。