首先，在核定农产品增值税进项税额扣除比对方发票上的进项税额多的情况下，根据《国家税务总局关于执行农产品增值税进项税额扣除政策有关问题的通知》（税务审[2020]33号），要求纳税人按照实际生产的农业产品成本来计算可以扣除的进项税额，并在纳税期间累计计算。如果累计的进项税额数字高于发票上的实际进项税额，那么纳税人可以把多出来的部分在尾月直接申报进项税额扣除。 另外，在核定的过程中，纳税人还需要注意增值税完税凭证（发票、收据）的复核“三七分”法，即从发票面额、购货时间、购货方角度，来进行复核，并且要及时完成票据复核，以免出现漏抵或多抵现象。此外，纳税人还需要把每个月累计计算的进项税额数字做记录，以便日后审计查询使用。 总的来说，纳税人在核定农产品增值税进项税额扣除比对方发票上的进项税额多的情况下，除了要按照实际生产的农业产品成本来计算可以扣除的进项税额外，还要注意复核增值税完税凭证，以及及时记录累计计算的进项税额数字。 拓展知识： 在2018年3月底出台的《农产品增值税进项税额扣除政策实施细则》中，政府明确规定：由于农产品的价格波动，纳税人可以在累计收入比对累计费用的基础上，按照实际发生的农产品成本计算每月可以扣除的农产品进项税额，从而使企业能够及时享受税收优惠。