根据财务会计知识，员工离职，但是公司帮他交了社保，个人部分他不愿意承担，工资也不够扣全额已发放的情况，公司承担的部分应当入账的做法是： 1. 在会计科目中增加一个“社会保险费支出”，分两个子科目，一个是“个人应付款”，另一个是“公司承担部分”； 2. 将工资实发金额减去个人应付款，公司承担部分用借方代入“公司承担部分”科目，贷方代入付款现金科目； 3. 原来个人应付款进的是其他应付款，公司承担部分余额应该借方代入“其他应付款”，贷方代入应付职工社会保险金科目，或者付款现金科目。 关于上面的做法，强调一点是：需要严格按照财务科目入账，确保账务准确，以免影响企业未来财务分析报表的准确性。此外，在社会保险费支出这个大类上，如果是跨月支出的，要严格按照具体情况做正确的入账调整，避免缴费金额与承担部分的借贷出现偏差。