是的，作为总包，只收工程款发票，根据工程进度款扣除代发有一定的税务风险。首先，总包要承担工资支付的税费责任，给分包农民工发放工资时，总包负责对这些农民工及其所发放的工资，进行个人所得税申报、缴纳，以及各种社会保险金的缴纳。其次，分包农民工所发放的工资，如果分包公司无法提供有效财务凭证，会带来不利的税务处理结果。最后，分包农民工税后工资若超出分包公司预定的额度，总包可能需要负责税收的补缴。 从以上可以看出，作为总包只收工程款发票，根据工程进度代发有税务风险，具体税务风险主要是指：税费责任、有效财务凭证、超出预定税收额度等。因此，为了减少税务风险，建议加强与分包公司的沟通，按时了解和审核公司的支付凭证，确保税务合规。