根据相关规定，农民工的个人所得税应由支付所得的单位代扣代缴。在你描述的情况中，虽然是总包代发了农民工工资，但小规模建筑劳务公司作为支付农民工工资的单位，仍是农民工个人所得税的扣缴义务人。 如果总包申报了个税，这部分工资可以作为总包的成本。而对于分包工程款，扣除的部分仍然应算为分包的收入。 分包不能再用这部分工资做税前扣除。因为这部分工资已经在总包处进行了核算和扣除，不能重复在分包处进行税前扣除。 根据《保障农民工工资支付条例》，用人单位应当实行农民工劳动用工实名制管理，与招用的农民工书面约定或者通过依法制定的规章制度规定工资支付标准、支付时间、支付方式等内容。并且，用人单位应当按照工资支付周期编制书面工资支付台账，并至少保存3年。书面工资支付台账应当包括用人单位名称，支付周期，支付日期，支付对象姓名、身份证号码、联系方式，工作时间，应发工资项目及数额，代扣、代缴、扣除项目和数额，实发工资数额，银行代发工资凭证或者农民工签字等内容。用人单位向农民工支付工资时，应当提供农民工本人的工资清单。 另外，若劳务公司与农民工签订了劳动合同，那么劳务公司需按工资薪金代扣代缴个人所得税，并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。如果未签订劳动合同，而是存在劳务派遣或个人包工头队伍等情况，则个人所得税的申报方式会有所不同，具体规定可参考《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）等相关文件。