处理已付款但没有发票的负数应付账款的主要方法是： 一、先查证：首先要查证支付确实已经完成，并对支付的费用进行确认； 二、确认单据合法性：通过查询记录确认发票及付款单据的合法性，避免出现错误结算； 三、核实发票付款金额：通过审核发票上的付款金额，确认付款是否正确，以确认应付款是否有误； 四、找到原因并调整：对于付款金额有误的情况，要尽快发现原因并调整相应的应付款，以保证账务准确。 操作完成后，需要再次确认应付款的金额，以免出现支出不帐，或者在财务结算时出现偏差的情况。 拓展知识：应付账款管理是财务管理中的一项重要工作，必须做好对应付账款的审核、报销、核销等操作，防止资金的流失和损失造成的经济损失。