老师您好，对于员工报销的发票，在做账的时候应该以实际支付金额为准。当员工报销的发票金额为100元，实际支付金额为99元时，应将99元入账，这也是符合实际实付金额的支付情况，另外，实际支付金额再次证明了员工的真实支出情况而且避免了上当受骗的情况发生。当然，也可以考虑将100元入账，但需要增加1元的差额，以抵消报销金额的差异。另外，为了保证报销的财务及时性，同时追踪可能的财务损失风险，可以在登记发票的时候，实行一定的审查机制，以及实行一定的财务控制，以确保报销发票的真实性并避免不必要的财务损失。