是的，公司取得的房租专用发票可以抵扣增值税款。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十二条第二款规定：“发票应当记载完整的增值税税款项目，并记载下列相关金额：（2）可以抵扣的应纳税额。”房租专用发票就是一种发票，所以它可以用于抵扣增值税款。 此外，在申报增值税时，允许申报方根据付款凭证(如此处的房租专用发票)对购买的实物货物或者接受的劳务进行抵扣，申报抵扣的数额不得超过实际购买的或者接受的数额，以避免增值税被滥用。 总之，在持有房租专用发票并证明其合法性的情况下，公司可以在申报增值税时，利用其作为付款凭证，将其抵扣增值税款。