跨区域涉税预交税金部分扣除劳务分包部分，是因为在劳务分包中存在一定的税收风险，即劳务分包单位可能会因为各种原因逃避纳税或少纳税的情况。因此，在劳务分包中税务部门会对预交税金部分进行扣除。扣除的劳务分包预交税金将以实际发生的税费为基准，核定的税费会在未来的账单中直接抵消。 拓展知识：税务部门还会对企业的增值税进行征税，其中征收标准由国家税收政策来规定，具体税率根据企业的收入和规模而定，税务部门还会按照国家规定的征税时间进行收税，企业应严格按时报税，以避免税务政策的变动带来的影响。