补齐缴纳扣除专业分包这部分税金的原则是：在取得收入事项发生地，应当按照本税收管理机关规定的具体税率和税收管理办法，即在销售服务地缴纳增值税，销售服务未在本市及本省境内发生的，由取得收入事项发生地主管税务机关根据实际情况征收。也就是说，机构跨县市进行预交税，应补缴扣除专业分包这部分税金，否则会受到处罚。 拓展知识：增值税是一种税种，是指企业或个人以购买消费，并在自己的产品和服务销售中获利，而不是提供原始投资，从而应当缴纳的税款。根据《中华人民共和国增值税法》的规定，增值税的发生、计算、缴纳和申报等都有明确的规定，以增加企业的经济社会效益，推进社会发展。