有关单位与员工协议以及按灵活用工缴纳社保违法与否一般会受到法律法规的制约，如果这种协议和缴纳社保的方式与有关的法律法规不符，就应该认为是违法的。例如，国家规定，企业应当按正式用工形式缴纳社会保险，不得采取按灵活用工形式缴纳社会保险，而且不能拒绝依法缴纳社会保险费；而且要根据征缴时间、费率规定缴纳社会保险，不得擅自调整缴费标准；另外还有一些法律法规要求企业按照正式用工形式在一定范围内招聘员工，不得采取灵活用工形式招聘。所以，协议与缴纳社保的方式是否违法，要看其与有关法律法规是否一致，对于违反法律法规的行为，一般会受到法律的制约。 拓展知识：灵活用工是指当前市场上企业按服务期限、劳动量等特征采取灵活的形式签订劳动合同，指定劳动者在协议规定的时间内按照协议的条款完成劳动任务的劳动关系。灵活用工的好处是可以更好地满足居民对就业的需求，但是也会存在一些问题，比如单位可能利用灵活用工的形式来逃避依法缴纳社会保险费的义务，这就会影响劳动者的权益。