小规模水利基金和印花税的优惠政策主要包括：一是推行减免水利基金和印花税，给予符合条件的企业税收减免。二是减免企业投资开发水利基金，减轻企业财务负担，提高水利建设效益。三是减免部分水利基金和印花税，可以给予大型企业更多的减免，以鼓励企业增加投资水利基金。四是鼓励企业参与水资源管理投资，优惠政策包括发放补助资金和减免水利基金和印花税等。 对于开具金额超过100万的普通发票，可以减按50%计算并开具发票，减免金额不超过5万元，并推行优惠办理审批手续等。此外，还可以根据企业实际情况，给予一定幅度的税费优惠，适当降低企业的税负。 国家水利基金的建立，旨在提升水资源的利用效率，缓解水资源短缺的困境，改善水资源管理方式，加强水资源的节约和综合利用，减轻财政负担，更好地投资水利建设，使水资源得以合理有效地利用。