水利基金的计税依据是根据《中华人民共和国地方税收条例》第十五条的规定，对各类经济活动产生的收入，按照税收政策和法规的规定，收取的地方税，称为水利基金。优惠政策上，从2011年起，小规模纳税人已经把小规模纳税人所征税的水利基金纳入“无机构的财政收入”的财政转移支付对象，从而包括各类纳税人在内的所有纳税人可以享受税收减免。小规模企业开专票是需要交水利基金的，具体税额根据纳税人的销售额大小而定，不宜过多设置减免，以免影响财政收入。与此同时，可以推行灵活的减免政策，如税务在年末做检查时，企业账务准确，发票完好无缺，具备开票、缴纳税款条件时，可以对保税金额减免一定比例的水利基金，以减轻纳税企业的税负。拓展知识：水利基金的收入是用于地方政府的水利建设，如修建水利公园、建设水利枢纽、维护湖泊环境等，它是维护水资源的重要财政支出，同时也是减轻经济发展的重要手段。