在此种情况下，员工是不能补这个金额的。根据合同规定，付款方应按其应付金额发出付款，而收款方应按约定发出正确的发票；不管双方有无异议，这是对方发票金额少开的后果，不能由员工来承担。 未来的处理方式，可以在双方签订合同时，提前说明：发票金额少、超过实际付款金额等一些问题，从而避免出现此类问题。此外，有的单位还可以提前要求对方提前向付款方提供开票凭证，以便于付款方对对方的发票金额进行审核，以保证金额的准确性，避免出现少开金额的问题。