是的，辞退该员工后，公司可以从他的工资里扣除借款，但需要遵循一定的程序。首先，经理应按照有关规定通知该员工，待该员工确认此书，并签字接受后，公司才可收回借款。同时，公司必须确保财务报表能够直接证明，该借款来自该员工的工资，并且扣除的金额为该员工拖欠的金额。此外，依据《劳动合同法》规定，工作单位有权从劳动者的工资、奖金中扣除劳动者债务欠款，但其扣除比例不得超过当月工资总额的50％，扣除方式须按照有关单位核定的债务清偿计划执行，不得超越其规定的限度。 拓展知识：如果该员工拖欠借款，一般都会有对应的《借款合同》，在员工被辞退前，可将该《借款合同》明确地显示给被辞退员工，让其知悉自己确实有借款，并由其签字确认，以此作为公司从被辞退员工工资中抵扣借款的法律依据。