公司只缴纳公积金和社保而不发放工资。关于计提和发放的会计分录，可以由应交的公积金和社会保险费各两笔贷方分录组成，单位部分扣收归入社会保险经费或等该费用账户，个人部分归入个人养老保险账户或职工社会保险基金账户，两项贷方分录减计一笔借方分录：应发工资，来登记公司给员工发放的公积金和社会保险费。 至于员工是否需要在自然人扣缴客户端申报，则有两种情况，一种是个人不扣缴，缴纳工资所得税的，则无需要在自然人扣缴客户端申报；另一种是自行缴纳社保，则需要自然人扣缴客户端申报。具体情况需根据个人缴纳社保规定而定。