计算农产品免税发票认证抵扣税额的方法为：首先，确定认证的农产品的税率。根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第二十六条规定，认定的营业税税率为“零税率”；然后，计算出每一项农产品认证抵扣税额，把每一项农产品认证抵扣税额加总，就是最终的农产品认证抵扣税额。 如果要申请农产品免税发票，还应按照国家关于农业税收优惠政策的相关规定，向税收机关准确提供农产品的认证等相关信息，以便做到全面信息的确认，以达到真正的税收优惠效果。最后，建议有办理农产品免税发票需求的申请人，可以向税收机关询问相关政策，并及时上报相关税费等情况，以使准确计算税收优惠，最大限度减少负担。