施工单位应通过与甲方签署合同，由甲方与乙方签订代建协议，甲方承担项目建设，乙方承担代建任务；施工单位发票开给甲方，甲方可将发票进行报销，以乙方名义发放工资；账务方面，甲方可将费用划分为项目费用和代建费用，项目费用按小时或其他单位来进行计算，代建费用按小时和数量来计算，具体根据实际情况来处理。 此外，存在代建协议的公司应当认真履行安全生产法律法规，不论是甲方还是乙方，都应当将安全生产作为首要任务，充分落实责任制，并制定相应的安全管理规范、安全措施，从而确保施工单位施工安全。