施工单位来拨工程款,付款应由乙公司负责，因为双方签订了代建协议，甲公司把贷款资金拨给乙公司，由乙公司完成城市更新项目，此时工程款付款就是由乙公司付款。发票开给乙公司，乙公司是项目承担方，发票应该开给乙公司。 前期买地交税，应该由甲公司负责，买地属于甲公司权利，交税也应该由甲公司负责，发票应该开给甲公司。 以上就是甲和乙子公司集团下的一些具体付款细节，希望能帮助到您。此外，在开展城市更新的项目的时候，还要考虑环保和权利人的权益等各种问题，甲乙两公司也要加强沟通，共同推进所做项目的完成。