自建员工食堂和自建库房的增值税抵扣情况有一定的区别。自建的固定资产的增值税可以抵扣，但是自建库房可以抵扣，而自建员工食堂不能抵扣。原因是，自建库房属于直接影响生产运行的建设性支出，且是关于国家法定规定纳税者允许计抵扣的税收，因此可以抵扣。而自建员工食堂属于消费性支出，不属于国家法定规定的可抵扣税收，所以不能抵扣。拓展知识：可抵扣的税收除了增值税还包括所得税、消费税和营业税等税种。