增值税是指货物、劳务和服务的销售者向中央收税机关缴纳的税，它是从增加价值中产生的税收，是一种国家的消费税。当小规模企业的苗木公司销售苗木给其它公司，收取200万元后，根据3%的专票税率计算，应纳税额为6000元。具体计算方法如下： 税额=销售金额X税率 即：增值税额=200000×3%=6000元。 拓展知识： 增值税税率有3%和17%两种，小规模企业和一般纳税人一般采用3%税率，而一般纳税人可选择17%税率。一般纳税人一般采用17%税率后，可以通过销项税额减征进项税额的方式获得抵扣，减少纳税负担。