关于公司有停薪留职的员工的社保处理，具体的处理方式需要根据具体的情况而定，一般情况下，按照社保法规，由企业支付社保费用，停薪留职的员工仍然享受停薪留职这一福利，也就是企业仍然需要拿出一定比例的费用来支付社保；但是，根据企业的实际情况，也有可能双方达成协议，由停薪留职的员工自己出钱，支付对应的社保费用，并将社保费用的缴纳情况正确的报告给税务部门。 其实在计算会计方面，停薪留职的员工，无论是企业支付社保费用，还是由员工自己出钱，都要正确的记录报告，以备查阅，如果是企业自己支付，就要正确的记录在社保费用的报销表内，若是员工自己出，就要记录在应付款项中，然后将员工支付的社保费用科目正确表现在财务报表中，方便企业进行分析和报表审计。 总之，企业在处理停薪留职的员工的社保费用的时候，一定要按照社保法规，并在拿出社保费用进行准确表现到财务报表上，这样才能保证企业的合法性和正确性，确保企业的财务报表处于合规状态。