如果已经签订盖章的合同，有需要扣减的部分，不能按照合同金额支付，那么在进行财务做账时，首先要明确要支付的金额及扣减的部分，以及具体原因。双方应该在此基础上拟订一份情况说明，该说明应同时出具并签订双方确认，以作为合同变更的依据，从而进行合同的金额调整及财务支付。该说明书应包含有：合同变更前的情况，变更原因，变更后的情况，双方对该合同变更的同意，签字确认等内容。 拓展：根据合同法规定，合同的变更包括有书面变更、单方变更和双方变更，双方变更是指原订立的合同在双方同意的情况下，由双方调整合同条款，从而形成新的法律关系。双方变更必须要求双方签订书面变更协议，变更协议内容需要包含有原合同的各项条款及变更的条款，条款的调整内容及原因，也要求双方在协议上签字确认。