一般而言，公司赔付给员工的经济补偿金应该通过财务系统进行入账。具体步骤如下： （1）准备申报材料。要准备员工的经济补偿申报材料，包括员工的基本信息、补偿金额、补偿起止日期等； （2）填写财务系统表单。根据上述材料，员工应当填写对应的财务系统表格以申报经济补偿款； （3）审批及入账。相关主管审核表格后，即可完成经济补偿款的入账工作，补偿款的最终资金流动将受到财务系统的记录和控制； （4）账单统计。完成入账后，应根据财务系统，及时生成该补偿款对应的账单，以便进行统计分析。 以上就是公司赔付给员工的经济补偿金入账的具体过程。此外，为了进一步规范或改善经济补偿管理流程，公司应当准备好各项公文规定，如申报表格模板、及时审批流程、以及账单统计和归档处理等，以最大程度简化工作过程和流程。