分公司注销的情况下，母公司与分公司的往来款不能直接反向冲减，而是需要根据该分公司的清算情况进行调整。清算程序由清算实施者单独安排，主要分为清算交易和清算清算两个程序。清算交易，是将母公司欠分公司的款项和分公司未拥有资产进行结算，其中可包括货物交易、账款、应收账款及其他能够交换起来的款项。清算清算，是将分公司资产、负债、权利和义务纳入公司名称，重新计算出其资产负债表数据形成清算报告。清算完成后，根据清算报告对母公司与分公司的往来款进行调整，以完成清算过程。 拓展知识：清算实施者是指机构、企业和个人向清算实施者申报、登记和结算资产和负债，或发生其他清算行为的行为主体，如银行、保险公司等。清算实施者负责收集、保存、核对、核算、结算、调整、审核和处理清算行为主体的资产和负债，及其他清算行为的法律实施。