独立核算分公司注销往来款的处理方法主要包括以下几步： 1、核实和准备注销往来款的账单：在注销往来款之前，需要进行账单的核实，以确保账单中的条款和数值是正确的。 2、报税：根据国家相关法律法规，注销往来款应缴纳相关税款，并在报税时准备必要的凭证。 3、记账：注销往来款时，应当根据会计准则准确记录相关账目，以保证注销往来款的记账准确性。 4、备案：为了便于对注销往来款的查询，注销往来款应当进行备案，以保证注销往来款的完整性。 例子：假设公司A向公司B贷款50万元，期限为一年，约定每月付息到期还本。但当期款到期时，由于A公司没有及时偿还本息，B公司决定注销这笔往来款，此时，需要按照上述步骤对这笔往来款进行注销处理，以保证这笔往来款的正确性。