如果公司要求农民工工资代发，总包代发，但是没有收到代发工资协议，那么公司在做账的时候，应先向总包及农民工确认代发工资的条款，判断总包及农民工的工资支付的责任，确认代发工资的要求，再根据总包及农民工的要求做相应的账务处理，及时开具发票及工资条等。 除此之外，公司还要加强对总包及农民工的管理，建立完善的记账流程，确保记账准确，同时在代发工资时，要对具体的工资支付流程及支付方式有一个明确的记录，以便在有纠纷时能有证据及准确的统计记录。 拓展知识：在做账务处理时，一定要按照当地会计法规的要求做，确保账务准确、可追溯，缴纳税款准确无误。