在员工在别处缴社保扣个税的情况下，我们应该正确计算并发放工资。首先，根据《中华人民共和国个人所得税法》和《中华人民共和国社会保险法》，员工在另一地缴税扣除后，我们不将其他费用再次收取，只发放计算后的实发工资，以保证员工应得到的工资得以完整发放并不受任何影响。 其次，针对新员工，在发放工资前，应首先发放普通工资，并建立正规的支出记录及个人所得税申报表，再根据员工的所得情况，将普通工资减去个人所得税金后发放给员工。 最后，在发放工资时，要遵循工资发放的法律法规，如发放的时间、方式、用途等，以确保工资发放的合法性。 拓展知识：在发放工资时，除了上述所述，我们还应完善个人所得税稽查制度，确保工资依法正常发放。个人所得税稽查制度包括以下几个方面：首先，设立稽查检查机构，以此确保工资税收与法律税收吻合；其次，制定完善的税收管理制度，并加强对个人所得税管理的监督检查；最后，实施违法后果负责制，根据法律规定，对个人所得税的违规行为负上法律责任。