发票抵扣联如果丢失，首先应该及时向税务机关申请补办，在申请补办的同时还需要准备好相关申请材料，比如：营业执照副本、税务登记证复印件、价税合计金额证明材料等，有这些材料后就可以去税务局申请补办了。除了补办，也可以考虑由本公司工作人员搜集有关证据，例如出货单、发票复印件等，这些证据可以向税务稽查人员证明发生交易出示，拿到税务稽查人员书面证明后便可以申请补办发票抵扣联。 此外，为防止此类问题的再次发生，建议公司改进发票管理系统，严格按照发票的管理工作程序进行操作，将发票与其相应的抵扣联以及开票资料用文件夹整理妥善，定期对发票抵扣联进行清理和备份，更有利于发票的及时抵扣。