发票抵扣联和发票联一起丢了的话，首先要做的是马上去税务机关申请补办抵扣联及发票联，一般补办时需要提供相关材料，比如原发票、原抵扣联及与当前补办税款相关的材料，比如汇总细分明细表等这类材料。其次，如果已经在税务关系中报销对应的费用，可能就需要重新核定报销，报销要求材料复杂，如果需要重新核定报销，应当提前准备好与报销有关的所有材料，以应对税务机关的审核。如果报销的是货物，还需要准备商品采购合同、采购发票等材料，用以证明实际交易情况，佐证报销记录的真实性。最后，税务机关如果要求加签发票上的开票人、审核人或者报销人等三个人签字，应当做好准备。