总分公司的末级科目余额表合并的规则是：1、按照科目编码的顺序进行排列；2、按照科目编码的层次进行排列；3、按照科目编码的结构进行排列；4、按照科目编码的类别进行排列；5、按照科目编码的类型进行排列；6、按照科目编码的细分进行排列；7、按照科目编码的细分类型进行排列；8、按照科目编码的细分类别进行排列；9、按照科目编码的细分结构进行排列；10、按照科目编码的细分层次进行排列。